En décembre 2001 a été décidée la création d’un nouveau système d’information Schengen, le SIS II, en raison de la nécessité de mettre en œuvre de nouvelles fonctionnalités (par exemple le stockage de données biométriques), mais aussi d’intégrer les nouveaux Etats membres, le SIS n’ayant pas les capacités suffisantes pour assurer les services nécessaires à plus de 18 Etats. Cependant, en septembre 2006, la Commission, qui avait été mandatée par le Conseil pour développer le SIS II, a annoncé que sa mise en œuvre, initialement prévue pour décembre 2006, connaîtrait un retard important. En janvier 2007, elle a proposé un calendrier révisé prévoyant que le SIS II serait opérationnel à partir de décembre 2008.

Le Conseil « Justice-Affaires intérieures » (JAI) des 4 et 5 décembre 2006 a donné son aval à un système provisoire proposé par le Portugal, permettant de connecter les 9 Etats membres à la version existante du SIS.

L’accord SISNET, c’est-à-dire le contrat signé pour la prestation de services de réseau et de sécurité connexe pour le SIS arrivera à échéance en novembre 2008. Comme il est possible que la SIS II ne soit pas opérationnel à cette date, il convient de trouver une solution dans l’intervalle. Parallèlement à l’appel d’offres lancé par le Conseil en vue de la conclusion d’un nouveau contrat pour SISNET, la Commission propose donc d’établir une infrastructure de communication spécifique qui serait financée par le budget de l’Union. Les propositions ne devraient être mises en œuvre que si la procédure de passation de marché public n’aboutit pas.