L’identification des cours d’eau constituant des réservoirs biologiques ne doit pas dépendre de la formalisation des schémas d’aménagement et de gestion des eaux (SAGE). En effet, la généralisation des SAGE à l’ensemble du territoire ne constituant pas une obligation légale, la protection ne doit pas dépendre de la bonne volonté des acteurs locaux.

De même, l’existence d’un obstacle avéré ou non à la continuité écologique ne saurait fonder les décisions d’autorisation de nouveaux ouvrages. En effet, la preuve de l’existence préalable de l’obstacle ne peut généralement être apportée qu’une fois l’ouvrage aménagé. La notion d’obstacle avéré préalable à l’autorisation est quasiment inapplicable en pratique. Seul l’examen préalable de l’impact prévisible de l’équipement sur l’environnement peut servir de base à la décision d’autorisation.