L’état des lieux des cours d’eau réalisé dans le cadre de la mise en oeuvre de la Directive cadre européenne sur l’eau montre que les cours d’eau considérés en très bon état écologique sont la plupart du temps situés au niveau de têtes de bassins isolées. Les cours d’eau concernés par les poissons migrateurs vivant en eau douce et en eau salée sont au contraire situés sur les portions aval des bassins versants. En pratique, presque aucun cours d’eau ne présente à la fois des conditions de très bon état écologique et de présence de poissons migrateurs. Les modifications apportées visent à conserver les fonctions de l’ensemble des cours d’eau qui jouent un rôle important pour l’état écologique des bassins versants et pas la stricte protection de très rares et improbables cas particuliers et isolés. Les modifications visent également à répondre aux obligations de non-dégradation imposées par la DCE qui ne se limitent pas aux seuls poissons migrateurs vivant en eau douce et en eau salée.