La première modification vise la prise en compte de l’ensemble des problématiques, et notamment sanitaires, en lien avec la microbiologie. À ce titre, les dangers représentés concernent non seulement la bactériologie, mais aussi la contamination des eaux et des milieux aquatiques par les virus et les protozoaires. Certains de ces microorganismes sont pathogènes pour l’homme et du fait de leur rejet et de leur présence dans les milieux aquatiques, ils perturbent les écosystèmes aquatiques et certains usages qui y sont associés. C’est le cas pour le captage d’eau, la baignade, la pêche professionnelle et récréative mais surtout pour la conchyliculture. Sur ce dernier point, la directive européenne 79/923 a institué la protection des zones conchylicoles.

La seconde modification a pour but de compléter les exigences devant être satisfaites quant à la vie biologique des milieux récepteurs. Il s’agit de permettre la prise en compte des ressources conchylicoles, au même titre que la faune piscicole d’eau douce et marine. En effet, contrairement aux poissons, les mollusques bivalves vivants sont sédentaires. De plus, ils se nourrissent par filtration de l’eau. Or, les milieux marins et estuariens constituent le récepteur final des eaux des bassins versants et leur qualité dépend directement de la gestion de l’eau plus en amont.

Ainsi, la préservation de la faune conchylicole, à la fois d’un point de vue qualitatif et quantitatif, est également un aspect très important de la vie biologique des milieux récepteurs. De plus, il est rappelé au 4° du II, que la gestion équilibrée doit permettre de satisfaire les exigences des cultures marines, dont font partie les activités conchylicoles.