La création d’une agence nationale ad hoc pour la gestion des parcs naturels marins fait craindre que sa composition laisse une grande place à des organisations et des structures qui n’ont pas de véritable culture en matière de conservation de la biodiversité. Des interrogations se posent ainsi sur sa capacité à réponde aux exigences de protection des milieux marins. De plus, l'agence nationale devrait être charge de la mise en gestion et non de la gestion des futurs parcs naturels marins.

L’expérience du Conservatoire du Littoral en matière de protection de la nature et ses compétences étendues sur le domaine public maritime, qui lui est affecté ou confié, lui procurent en revanche la légitimité nécessaire pour assurer une mission de mise en gestion. Le Conservatoire du littoral dispose en effet d’une large expérience de gestion de sites avec les acteurs locaux. Une modification des articles L. 322-1 et s du code de l’environnement devrait par conséquent accompagner l’attribution de cette nouvelle mission.