Dans un souci de bonne gestion et de bonne gouvernance du dispositif de recherche français, il convient d’assurer véritablement l’autonomie de l’Agence nationale de la recherche par la signature, entre l’État et l’agence, d’un contrat d’objectifs et de moyens.

Ce contrat constitue à la fois l’assurance que le ministère de la recherche ne s’immiscera pas dans la gestion au quotidien de l’agence, tout en permettant un encadrement par l’État des activités de l’agence. Il reprend un modèle déjà en vigueur pour les établissements publics de recherche sur la base de l’article L. 311-2 du code de la recherche, qui conduit à l’élaboration de contrats pluriannuels pour quatre ans.

Afin de garantir l’indépendance de l’évaluation effectuée, il est essentiel que celle-ci s’appuie sur une expertise internationale. En effet, l’envergure même de l’action de l’agence risquerait de réduire l’objectivité d’une évaluation qui serait conduite exclusivement par des représentants d’institutions françaises dépendant des décisions d’allocation de ressources de l’agence.