L’amendement adopté par le Sénat prévoyait que « Des documents élaborés par les structures privées sur l'utilisation des aides publiques à la recherche lui sont communiqués ». Il faut aller plus loin dans cette intention et fixer parmi les missions de l'Agence d'évaluation un droit de regard sur les structures privées majoritairement financées par des aides publiques, ce qui est indispensable quand il s’agit d’aides de l’État. L’attribution d’aides publiques à des structures privées ne peut se faire sans évaluation, à la fois en bilan et en perspective. Cet amendement permet de préciser le périmètre d’application de l’Agence d’évaluation. L’effet sera double : à la fois repérer et mettre fin aux effets d’aubaine, et responsabiliser la sphère privée.

Les aides que la puissance publique propose aux entreprises pour réaliser des recherches prennent deux formes : des dispositifs fiscaux et des subventions pour des recherches scientifiques. Cette évaluation par l’Agence aura lieu indépendamment de l’évaluation d’ensemble des dispositifs fiscaux et du contrôle de l'exécution des prestations prévu pour les subventions pour des recherches scientifiques, ces deux formes de contrôle ne visant pas à évaluer les projets de recherche en tant que tels.