L’indépendance de l’agence, affirmée au 1^er alinéa pour l’article L. 114-3-1 du code de la recherche est contradictoire avec le choix de ses membres par une autorité supérieure. Il s’agit donc que les huit personnalités qualifiées soient désignées par les chercheurs et enseignants chercheurs, les représentants des étudiants et les parlementaires de l’Office parlementaire d’évaluation des choix scientifiques et technologiques.