L’établissement public de l’Agence pour la gestion des déchets radioactifs est administré par un conseil d’administration, composé d’un quart de représentants de l’État, d’un quart de représentants des sociétés intéressées par l’action de l’établissement, d’un quart de personnalités nommées sur proposition de l’Académie des sciences et d’un quart de représentants d’associations à but de défense de l’environnement. Deux membres du Sénat et deux membres de l’Assemblée nationale, nommés sur proposition de l’Office parlementaire d’évaluation des choix scientifiques et technologiques, siègent également au conseil d’administration.