Le principe de transparence des groupements agricoles d'exploitation en commun (GAEC), permet de conférer à leurs associés le même traitement que celui réservé aux exploitants individuels dans les domaines fiscaux, sociaux et économiques (article L. 323-13 du code rural). Il s'applique, de longue date, à l'ensemble des réglementations dont relèvent les exploitants agricoles et a par ailleurs fait l'objet d'une reconnaissance européenne officielle dans le cadre de la réforme de la politique agricole commune de 2003.

Ce principe de transparence vient d'être réaffirmé et étendu par la loi d'orientation agricole n° 2006-11 du 5 janvier 2006 à l'ensemble du statut professionnel des associés de GAEC, ce type de groupement permettant d'atteindre les objectifs de la loi et notamment la constitution d'entreprises pérennes au sein desquelles les associés peuvent se libérer des astreintes de l'élevage. Le projet de loi sur l'eau et les milieux aquatiques devrait tenir compte de cette extension.

La transparence des GAEC est mise en œuvre notamment dans le domaine de fa fiscalité, par exemple pour le calcul des seuils d'imposition des plus-values professionnelles. Elle permet un traitement équitable des membres de GAEC, les plaçant à parité des autres chefs d'exploitation agricole pour tout ce qui touche à leur statut professionnel, et dans le respect du principe d'égalité des citoyens devant l'impôt. Ce principe trouve application pour les impositions de toutes natures, y compris les redevances pour pollution de l'eau, mais il est cependant nécessaire de bien s'en assurer et de préciser quelles en sont les modalités.

Eu égard aux objectifs du présent projet de loi et au caractère désormais forfaitaire de la redevance, la transparence doit s'appliquer suivant le nombre d'exploitations regroupées au sein des GAEC, afin de garantir aux exploitants associés un traitement identique à celui qui aurait été le leur s'ils étaient restés exploitants individuels.