La suppression en 2004 du Compte d’affectation spécial n° 902-00 Fonds National de l’Eau et notamment de sa section A – Fonds national de développement des adductions d’eau (FNDAE) – porte le risque de voir se créer des déséquilibres entre les moyens attribués à chaque agence, et aux collectivités locales situées sur son territoire de référence.

S’ajoute également le danger d’une diminution des moyens globalement disponibles pour assurer les investissements nécessaires à la mise en œuvre des missions des agences, puisque la suppression du FNDAE s’est accompagnée de la suppression de la source importante de financement « externe » que constituait le prélèvement sur le PMU (65 millions d’euros et près de la moitié des ressources du fonds) au profit d’une inscription de crédits dans le budget général.

En tout état de cause, il convient d’assurer que la fonction de péréquation des moyens au niveau national auparavant assurée par le FNDAE soit pérennisée.

Le gouvernement a indiqué souhaiter que les contributions des agences à l’ONEMA pourraient assurer notamment cette fonction de redistribution. L’article 41 du projet de loi prévoit ainsi que « l’Office garantit une solidarité financière entre les bassins, notamment en prenant compte la situation particulière des bassins des départements et territoires d’outre-mer ».