Dans le nouveau système, le lien entre l’État et les universités sera résumé par le contrat.

Pour favoriser l’égalité d’accès sur l’ensemble du territoire à des formations supérieures de qualité et conserver une cohérence nationale dans le cadre de la carte de l’enseignement supérieur, ces contrats doivent relever de critères nationaux : insertion professionnelle, mobilité internationale, échec en premier cycle…

Ils doivent par ailleurs tenir compte des contraintes spécifiques que peuvent rencontrer les établissements pour l’accomplissement de leurs missions et l’atteinte des objectifs fixés. Ces contraintes étaient jusqu’à présent plus ou moins bien évaluées et bénéficiaient d’une attention minimum avec les dotations générales de fonctionnement, non contractuelles. Désormais, cette part du financement des établissements est « engloutie » par la dotation contractualisée, pour en tenir compte malgré le nouveau système de dotation, elles doivent faire l’objet d’indicateurs et critères spécifiques au sein du contrat.

La définition de ces critères et indicateurs doit associer l’ensemble de la communauté universitaire. Cette communauté, élargie aux grands intérêts nationaux et autres partenaires institutionnels, dispose d’une instance consultative pour participer à la politique de l’enseignement supérieur : le Conseil national de l’enseignement supérieur et de la recherche (CNESER). Celui-ci n’est toujours pas associé à la définition des indicateurs et critères fixés par le ministre aux établissements dans le cadre de leur politique contractuelle.