L’augmentation de 5,35 millions d’euros concerne le programme 142 Enseignement supérieur et recherche agricoles et doit s’imputer sur l’action n° 02 : Recherche, développement et transfert de technologie dudit programme, pour la sous-action Appui à la recherche. Cette augmentation doit servir à apurer la dette contractée par l'État envers les établissements d'enseignement supérieur agricole privés, suite au contrat passé entre eux et le Ministère de l'Agriculture et de la Pêche fin 2003, aux termes duquel ces établissements devaient renforcer leurs activités de recherche, avec en contrepartie une augmentation des subventions de l'État proportionnelle à la réalisation du programme 2003-2007.

Si depuis 2003 les établissements ont investis pour remplir les objectifs fixés, les crédits de l'Etat n'ont pas suivi, avec un retard cumulé fin 2007 atteignant les 3,75 millions d'euros. S'y ajouteront en 2008 1,6 million d'euros supplémentaires, la ligne correspondante n’étant que de 22,4 millions là où la DGER estimait la stricte application du contrat à 24 millions pour 2008. Il est à noter que cette baisse de 24 à 22,4 millions ne peut se justifier par la suppression de la taxe sur les salaires, puisque d'une part le but affiché de celle-ci en 2006 était de dégager des moyens nouveaux et non de réduire les transferts, et que d'autre part nulle part ailleurs cette suppression n'a été intégralement « compensée ». Cette dette de l'État fragilise ces établissements, qui ont fait les investissements nécessaires, ont promu leurs chercheurs, collaboré aux pôles de compétitivité et voient la pérennité de leurs efforts remise en cause. Elle va par ailleurs contre la volonté fermement affichée de favoriser le développement de la recherche.

L’objet principal de l’amendement est donc d'apurer cette dette et d'éviter qu'elle ne s'accroisse, afin de permettre à ces écoles de disposer des moyens à la hauteur de leurs efforts et de l'ambition affichée par l'État.

Les économies correspondantes sont prévues sur les crédits d’intervention par transferts aux autres collectivités des actions 2 et 3 du programme 192, Recherche industrielle, dont les crédits de paiement sont passés d’une consommation de 29 millions à une demande de 89 en 2007 et 82 dans le projet de loi de finances actuel.