Le règlement intérieur précisera les règles déontologiques auxquelles seront soumis les membres du Haut conseil. Il sera adopté par les membres du Haut conseil, ce qui permettra un consensus sur son mode de fonctionnement. En particulier ce règlement pourra prévoir des règles de communication.

Mais la restriction de la liberté de parole prévue est très restrictive et peut difficilement s’appliquer à des scientifiques de haut niveau et à des personnes responsables. En conséquence, le Gouvernement propose que les membres du Haut conseil informent préalablement le président de toute position exprimée sur les avis rendus.