Dans le projet du gouvernement, le ministère public dispose seul de la décision d'engager une action à l'encontre du comptable.

De plus sa décision lie absolument la compétence du président de la formation du jugement, juge unique.

Un tel monopole du ministère public, soumis à la hiérarchie, est en contradiction avec la nécessité de faire trancher les contentieux par un juge indépendant.

Il est donc proposé d'instituer une procédure permettant à la collégialité d'ouvrir une procédure d'instruction – sans préjuger du fond – ce qui renforce les droits de la défense et répond mieux aux exigences posées par la Cour européenne des droits de l'homme.

Dans le cas où un désaccord existe entre la proposition du magistrat rapporteur et celle du Procureur général auprès de la Cour une procédure collégiale d'arbitrage est introduite afin d'éviter toute confusion entre le rôle du ministère public et celui du juge.