La montée en puissance des métropoles, que consacre le projet de loi, conduit à opposer deux logiques institutionnelles, celle des métropoles et celle des régions, sans que le débat sur le bien fondé des métropoles n’ait jamais été vraiment organisé. Dans ces conditions, les régions – et les départements – vont se trouver dépouillés d'une part essentielle de leurs compétences au profit des métropoles. On ira jusqu'au paradoxe où les élus des métropoles se prononceront seuls sur les enjeux économiques les concernant, et où les élus territoriaux des métropoles se prononceront sur les enjeux économiques de l'ensemble des territoires régionaux, sans que la réciprocité existe. On entre ainsi dans des rapports inégaux entre collectivités. Les métropoles auront une compétence de plein exercice. Les régions et les départements n'auront plus que des résidus de compétences.

Si l'on veut reconnaître l'existence des métropoles, la logique serait au moins de différencier totalement les collectivités, comme cela se pratique dans certains pays voisins, d'un côté, les métropoles, de l'autre, des régions et départements totalement distincts, mais aptes à s'administrer en fonction de leur logique propre et à faire valoir leurs droits en termes de développement économique, social et environnemental et d'aménagement du territoire.