Dans le contexte économique actuel, le gouvernement ne souhaite pas confier à titre gratuit le domaine public fluvial à VNF. En effet, le domaine sera confié à cet établissement public qui pourra y assurer toutes ses missions de gestion. En revanche, l'État souhaite conserver le domaine public dans son patrimoine et autoriser, le moment venu et au cas par cas, les opérations de valorisation de ce domaine. L'absence de transfert de propriété n'empêchera donc pas l'établissement de valoriser quelques sites en bord à voie d'eau qui ne sont plus utiles à la navigation. Cette valorisation sera réalisée par le biais de filiales de VNF et pourra donner lieu, si cela est nécessaire, à des transferts de propriété limités aux parcelles concernées.

De plus, lors des discussions avec les représentants du personnel ne sur le projet de loi, la ministre de l'Ecologie, du Développement durable, des Transports et du Logement s'est engagée auprès des organisations syndicales représentatives des personnels, à ne pas transférer le domaine public fluvial de l'Etat à l’établissement public. Cet engagement a été formalisé dans le protocole d'accord sur les voies navigables signé avec 3 des 4 organisations syndicales représentatives et il constitue un des points qui fondent l'équilibre de l'accord trouvé.