Le conseil d'administration de la SAFER sera structuré en trois collèges : celui des organisations professionnelles agricoles, en fonction de leur représentativité à l'échelle régionale, et des chambres régionales d'agriculture ; celui des collectivités territoriales ; et celui des autres partenaires (actionnaires, ONG environnementales), dont l’Etat.

Parmi les représentants de l’Etat, la présence du préfet de région au sein du conseil d’administration est indispensable, et il convient donc de le préciser au niveau législatif.

En effet, un des objectifs de cette réforme est de rationaliser le fonctionnement des SAFER, ce qui justifie notamment que chaque société ait un périmètre d'action régional ou correspondant à plusieurs régions. En conséquence, il est naturel que le préfet de région soit directement associé afin qu’il dispose d’une vision d’ensemble et ainsi d’une vraie capacité de coordination régionale.