L’introduction d’un commissaire de gouvernement au sein d’une autorité publique indépendante est contraire à l'indépendance de l’autorité, chargée de la régulation économique d’un secteur dans lequel l'État est à la fois tutelle et unique détenteur de l’opérateur historique et du gestionnaire d’infrastructure. 

Dans des conditions analogues, la Commission européenne avait envoyé un « rappel à l'ordre» à l’Etat français début 2011, lorsque ce dernier avait exprimé l’intention de créer une fonction de commissaire de gouvernement pour l’ARCEP, ce qui avait abouti à l’abandon de cette idée.

En outre, l’introduction d’un commissaire de gouvernement nuirait au bon fonctionnement de l’Autorité, qui par nature doit protéger les secrets des affaires qui lui sont confiés par les entreprises ferroviaires et les gestionnaires d’infrastructure.

Elle est de plus inutile, l’Autorité ayant la faculté d’auditionner les représentants du gouvernement quand elle le souhaite.