Le deuxième programme Marco Polo, qui couvre la période 2007-2013, fait l'objet du règlement CE n°1692/2006. L'objectif de ce programme de financement communautaire est d'éviter une part substantielle de la croissance attendue du trafic routier international de fret (estimée à 20,5 milliards de tonnes-kilomètres par an) en la transférant vers le transport maritime à courte distance, le transport ferroviaire ou le transport fluvial. Il bénéficie d’un financement de 400 millions d’euros.

La proposition de révision adoptée par la Commission le 10 décembre 2008 a pour objet de pallier les difficultés importantes d'exécution du programme Marco Polo. Elle est basée sur une évaluation du premier programme Marco Polo (période 2003-2006) qui conclut notamment que l'objectif (qui était pour ce premier programme un transfert de 48 milliards de tonnes-kilomètres) ne sera atteint qu'à 64 % et que seulement 73 % du budget disponible a effectivement été engagé.

La Commission européenne propose d’assouplir les critères de sélection des projets, jugés trop contraignants (possibilité pour une entreprise de présenter un projet sans partenariat, modification des critères de seuil et de durée, action particulière en faveur des projets fluviaux) ; d’améliorer la gestion du programme (suppression de l'examen par le comité Marco Polo du résultat des appels à projets, choix de modalités de sélection pour toute la durée du programme) et d’augmenter le montant des subventions accordées aux projets.

La France est favorable à la proposition mais elle a précisé son attachement à ce que le comité Marco Polo ne soit pas écarté de la procédure de sélection. Elle a aussi souligné que les propositions concernant l'augmentation du taux de subvention conduiront à réduire la part du trafic routier évitée ou transférée.

La Commission a approuvé la proposition d’acte communautaire, en l’état des informations dont elle dispose, au cours de sa réunion du 7 avril 2009.