Actuellement, l'application effective de l'exception pédagogique est conditionnée à la passation d'accords sectoriels conclus entre les représentants des titulaires de droits par filière (ouvrages imprimés, périodiques, arts visuels / Musique / Image animée) et les ministères concernés. Conçus à l'origine pour déterminer le montant de la rémunération à verser aux titulaires de droits, ces accords sectoriels ont grandement dérivé de cet objectif, pour prendre le pas par bien des aspects sur le texte même de l'exception pédagogique.

La complexité des dispositions de ces accords sectoriels rend en pratique l'application de l'exception problématique dans les établissements d'enseignement. Par ailleurs, il est arrivé que les négociations mettent si longtemps à aboutir que l'exception s'en est trouvée "neutralisée" pendant de longs mois, laissant les communautés éducatives dans un flou juridique préoccupant. Les accords sectoriels prévoient également des formalités complexes à accomplir par les établissements d'enseignement pour bénéficier de l'exception, qui ne figurent nullement dans la loi et sont de nature à entraver l'application de l'exception.

Les exceptions au droit d'auteur existent pour consacrer des usages légitimes dans un but d'intérêt général. Il n'est pas normal qu'un dispositif aussi important que l'exception pédagogique, qui bénéficie à des millions d'enseignants et d'élèves, ne soit pas autonome et reste soumis à la passation d'accords avec les titulaires de droits. Pour ces raisons, tout en conservant le principe d'une rémunération forfaitaire au bénéfice des titulaires de droits, Il paraît utile que puisse être fixée directement par décret au niveau des ministères concernés.