Dans le cadre du « plan énergie méthanisation autonomie azote » (EMAA) présenté en mars 2013, le gouvernement a expressément manifesté son soutien au développement de l’activité de méthanisation agricole.

Or, la majorité des actifs des sociétés de méthanisation agricoles sont des immeubles qui ont une surface importante (digesteurs, fosses de stockage, etc.), aboutissant à une charge de taxe foncière et de cotisation foncière des entreprises, considérable.

Cette charge constitue une entrave majeure à l’obtention des financements nécessaires aux projets d’unités de méthanisation déposés par les agriculteurs, notamment pendant les sept premières années d’exploitation où le seuil de rentabilité minimum exigée par les
établissements de crédit est très difficile à atteindre.

Si le dispositif adopté aux termes de l’article 18 de la loi de finances pour 2014, qui offre la possibilité aux collectivités locales et établissements publics de coopération intercommunale (EPCI) de décider une exonération temporaire de taxe foncière sur les propriétés bâties d’une durée de cinq ans, constitue manifestement un premier pas dans la bonne direction, l’absence d’automaticité de ce dispositif, sa limitation à la seule taxe foncière sur les propriétés bâties et sa durée limitée aux cinq premières années d’exploitation ne permettent pas à nombre de projets de méthanisation agricole actuellement à l’étude, de franchir le seuil de rentabilité nécessaire à leur financement.

Or, la méthanisation agricole permet non seulement de « traiter » les déchets verts de l’agriculture, mais constitue également une alternative à l’épandage des effluents d’élevage dans les régions les plus concernées, et un débouché pour les industries agroalimentaires et collectivités locales dont les déchets de produits alimentaires doivent désormais faire l’objet d’une valorisation biologique.

Elle est par ailleurs génératrice de créations d’emplois en milieu rural. Afin de remédier à cette fiscalité d’autant plus pénalisante qu’elle est liée à la nature même de l’activité, qui suppose l’acquisition et l’exploitation de nombreux immeubles, il est proposé de distinguer, parmi les immeubles et installations de tous types affectés à l’activité de méthanisation agricole :

- les immeubles uniquement affectés au stockage des matières entrantes et du digestat (exemples : les fosses à lisier, les silos d’ensilage de cive et les fosses de stockage de digestat), qui ont une nature et une destination majoritairement agricole (les matières entrantes sont majoritairement agricoles et le digestat est dans l’immense majorité des projets, destiné à être utilisé comme fertilisant des sols exploités par les associés agriculteurs), pour les exonérer de manière pérenne de taxe foncière sur les propriétés bâties et les sortir de l’assiette de la cotisation foncière des entreprises ;

- et tous les autres immeubles directement affectés au « process » de méthanisation agricole, pour lesquels il est proposé une exonération temporaire automatique de taxe foncière étendue à sept ans, et une absence de prise en compte parallèle dans l’assiette de la cotisation foncière des entreprises pendant la même durée, soit sept ans (le délai de sept ans se justifie par le fait qu’il correspond au délai d’amortissement d’une fraction des investissements).

L’impact budgétaire d’une telle mesure apparait relativement peu important, compte tenu du peu d’unités de méthanisation agricoles actuellement en fonctionnement (on dénombrait environ 300 unités de méthanisation agricole sur tout le territoire Français à la fin de l’année 2012, selon les données du Ministère de l’Agriculture, mais le nombre de projets à l’étude serait environ 8 à 10 fois plus important).

Quoi qu’il en soit, toute mesure favorisant directement l’essor de la méthanisation agricole aura nécessairement des retombées budgétaires bénéfiques pour les collectivités locales à moyen et long terme.