Les dépenses de recherche confiées à une université ou à un laboratoire public de recherche sont prises en compte pour le double de leur montant, pour la détermination des dépenses éligibles au crédit impôt recherche. C’est sur cette base que sont notamment calculée les 15%  des dépenses consacrées à la recherche, par rapport aux charges fiscalement déductibles, que doit atteindre une entreprise pour être qualifiée de jeunes entreprises innovantes (JEI). En effet, par le renvoi opéré à l’article 244 quater B, les JEI sont incitées à investir dans les universités et laboratoire public.

Or une instruction fiscale du 16 septembre 2011 énonce que pour la qualification d’une entreprise en JEI, seul le montant réel est pris en compte et non le double, dans la détermination des 15% des dépenses de recherche.

Il conviendrait de clarifier l’interprétation de l’article 44 sexies O A pour les années antérieures au 16 septembre 2011, où il était admis dans des documents émanant du Ministère de la Recherche, que ces dépenses étaient prises en compte, comme dans le cadre du calcul des dépenses éligibles au crédit impôt recherche, pour le double de leur montant dans le calcul des 15%.