Comme tout accord international et toute législation, toute rétroactivité est exclue par le protocole de Nagoya. Dans cette logique une entreprise de sélection qui créera demain une nouvelle variété à partir de ressources génétiques auxquelles elle a accédé légalement avant l’entrée en vigueur de la loi n’est donc pas concernée par les nouvelles règles. Le législateur doit donc dire clairement que la « nouvelle utilisation » ne concerne pas ce cas de figure mais uniquement, par exemple, une entreprise de sélection qui se lancerait dans la parfumerie.