Compte tenu du rôle stratégique qu'est appelée à jouer l'Agence dans les politiques publiques, il est nécessaire que sa nomination s'opère par la plus haute autorité de l'État, en conseil des ministres. Le président-directeur général de l'ADEME étant nommé selon la même procédure, il est souhaitable d'aligner parallèlement la procédure de nomination du président du conseil d'administration de l'Agence.