La prolifération des cormorans a de lourdes conséquences pour la pisciculture et les activités halieutiques. Si ce préjudice était justement indemnisé, cela engendrerait une charge budgétaire importante pour l’État.

Un certain nombre de pisciculteurs – dont plusieurs en Loir-et-Cher – avaient porté plainte contre l'État pour des préjudices subis entre 1979, date de la directive européenne de protection des cormorans, et 1993, lorsque l'État a accordé les premières autorisations de tir.

Ils ont obtenu gain de cause par une décision de la cour d'appel de Bordeaux. Cette condamnation a été confirmée par la décision du Conseil d'État rejetant le recours du ministre de l'écologie et du développement durable, qui condamne l'État à les indemniser des pertes dues aux cormorans. En effet, entre 1979 et 1993, l'État n'avait pris aucune disposition alors que la protection systématique avait manifestement des effets négatifs.

Depuis 1993, l'État a accordé les premières autorisations de tir permettant, dans certaines conditions difficilement réunies, de réduire le préjudice ou de limiter sa croissance. Il y a manifestement disproportion entre les maigres résultats obtenus grâce aux autorisations de tir et la prolifération galopante des cormorans. Depuis 1993, le préjudice n'est plus de 100 % mais, même s'il est dans une proportion inférieure, il atteint en valeur absolue des niveaux de préjudice bien supérieurs en raison de considérable de la prolifération.

La lutte contre la prolifération doit aussi tenir compte du fait que, de plus en plus, des petites colonies de cormorans adultes, accompagnés d'immatures, restent sur place au printemps, nidifient, se reproduisent et se sédentarisent. Cette nidification commence en avril, époque où les tirs sont prohibés. Seuls les services de l'État sont autorisés à intervenir.

Plus généralement, il convient de traiter les causes de ce problème, en cherchant au niveau européen une régulation à la source de la population des cormorans et une révision du classement de cette espèce tenant compte de la réalité de son besoin actuel de protection.