Il est proposé au législateur de clarifier la manière dont s’opèrent des rectifications de factures lorsque des opérations réalisées entre entreprises n’ont pas été soumises à la TVA du fait d’une législation nationale déclarée ultérieurement incompatible avec le droit communautaire.

La législation communautaire primant sur la législation nationale, la TVA est réputée s’être appliquée de façon rétroactive, ce qui entraîne potentiellement l’émission de factures rectificatives, même quand la loi nationale avait prévu le contraire et que les prix avaient été pratiqués sans TVA de bonne foi entre opérateurs économiques.

Toutefois, la législation communautaire ne définit pas les conditions dans lesquelles s’opère la réémission des factures. C’est cette question de principe qui trouve à s’appliquer aux péages autoroutiers.

Jusqu’en 2000, la loi exemptait en effet les péages autoroutiers de l’assujettissement à la TVA, cette situation étant connue comme telle par les utilisateurs professionnels.

La Cour de Justice des Communautés européennes ayant invalidé cette disposition, la loi de finances rectificative pour 2000 a prévu que la TVA s’appliquerait à compter du 1^er janvier 2001 et les tarifs supportés par les professionnels ont été majorés de la taxe qu’ils avaient désormais la faculté de déduire.

En outre, certains transporteurs ont demandé, sur les quatre années antérieures à l’application de la TVA, à bénéficier d’un droit à déduction sur la taxe bien qu’ils ne l’aient pas supportée.

Le Conseil d’Etat a annulé deux lettres, respectivement du secrétaire d’Etat au Budget de 2001 et de l’administration, qui faisaient obstacle à ces déductions et à la délivrance des factures rectificatives nécessaires pour que l’exercice de ce droit à déduction.

Il convient donc, au-delà du seul sujet autoroutier, de clarifier les conditions d’émission des factures rectificatives, d’autant plus que la jurisprudence du juge administratif et du juge judiciaire ont tiré des conclusions opposées de cas où la TVA n’était pas explicite dans les prix indiqués.

Il est proposé de prévoir que dans une telle situation, le calcul de la taxe doit être effectué « en dehors », cette solution s’avérant la seule qui permet de préserver les équilibres contractuels initiaux et de respecter le principe de neutralité de la TVA à l’égard des opérateurs économiques. Une entreprise sera fondée à déduire la TVA qu’elle aura effectivement payée à la suite de la production d’une facture rectificative pour la période en cause.

L’amendement proposé ci-dessus vise ainsi à poser un principe simple selon lequel, pour se faire rembourser la TVA, il faudra d’abord l’avoir payée.