Concernant les redevances payées aux agences de l’eau, la loi sur l’eau et les milieux aquatiques de décembre 2006 s’est contentée d’autoriser une forte croissance des redevances payées par la facture d’eau des ménages sans modifier un système inéquitable et anti-écologique. Inéquitable parce que les usagers domestiques contribuent toujours pour 85 % du budget des agences alors que la contribution des agriculteurs n’est que de 4 %. Anti-écologique parce les agriculteurs, responsables de la majeur part des pollutions par les pesticides et les nitrates, ne sont pas incités à modifier leur régime de production. En effet, ces derniers ne sont que très peu pénalisés s’ils adoptent un régime de production polluant et restent peu aidés par les agences quand ils souhaitent diversifier positivement leur production.

En se basant sur les études de l’Institut Français de l’environnement, il est possible de quantifier la contribution de chaque catégorie d’agents (agriculteurs, consommateurs, industriels). Concernant la pollution par les masses organiques, il apparaît que chaque agent contribue pour un tiers environ. Pour les pollutions par l’azote, le déséquilibre est important : les agriculteurs contribuent pour 74 %, les consommateurs pour 20 % et les industriels pour 6 %. Les bilans officiels font aussi apparaître la responsabilité des activités agricoles pour la pollution par les pesticides. Le rapport du Sénateur Gérard Miquel montre par exemple que 90 % des achats de pesticides sont le fait d’agriculteurs.

A l’heure où la redevance domestique des agences de l’eau ne cesse d’augmenter, et où les collectivités territoriales investissent massivement dans la rénovation du service de l’assainissement, il paraît indispensable que les agences de l’eau appliquent de façon effective le principe du pollueur payeur ce qui induirait un rééquilibrage raisonnable de la contribution de chaque catégorie d’usagers.