La formulation de cet alinéa ouvre la possibilité d’instaurer des écoles de filles et des écoles de garçons, ce qui constituerait la première remise en cause de la mixité scolaire depuis les décrets d’application du 28 décembre 1976 de la loi dite « Haby » du 11 juillet 1975 rendant la mixité obligatoire dans l’enseignement primaire et secondaire. L'évolution naturelle, depuis la Réforme Berthoin de 1959 légalisant les lycées mixtes, était de tendre vers toujours plus de mixité.

Le dernier alinéa de l'article 2 de la loi n°2008-496 du 27 mai 2008 constitue un risque de remise en cause des dispositions générales relatives aux objectifs et missions du service public de l'enseignement en contradiction avec l'article 121-1 (Titre II du Livre Ier) du Code de l'Education reprenant l'article 5 de la loi d'orientation et de programme pour l'avenir de l'Ecole du 23 avril 2005 et spécifiant que : « Les écoles, les collèges, les lycées (...) contribuent à favoriser la mixité et l'égalité entre les hommes et les femmes. ».