Le récent scandale financier lié à Eco-emballages a mis en lumière l'opacité du fonctionnement des éco organismes.

Le récent rapport « TIC et Développement durable » des ministères de l'écologie et de l'économie alerte également sur l'opacité du fonctionnement du plus important éco-organisme DEEE (Ecosystème).

L'instance doit pouvoir contrôler le fonctionnement de ces structures en toute indépendance (les éco-organismes pourront être entendus mais ne siégeront pas). La présence d'un censeur d'Etat est une condition nécessaire mais non suffisante : il était déjà présent au CA d'Eco emballages mais n'a pu éviter les placements à risque et les pertes associées. Les conflits d'intérêts constatés par le rapport TIC nécessite une réforme en profondeur des éco-organismes et de la commission d'agrément de manière à ce qu'elle agisse en toute indépendance.