Certaines commissions ne se livrent pas à l’examen des faits directement liés à l’application d’une règle de droit en raison de la rédaction de l’article L 59A II du LPF qui utilise l’expression « peut examiner ». Cette marge de manœuvre les conduit à rendre un avis d’incompétence pour les litiges concernant les associations ou la réelle consistance de travaux ou les justifications des livraisons à l’étranger.

Or, l’article L 59 A a été modifié en 2004 pour légaliser la distinction entre les questions de fait et celles de droit et en préciser la portée. Dès lors, l’administration ou la commission ne peuvent plus opposer au contribuable que la question sur laquelle porte le désaccord est irrecevable au motif qu’elle aurait une influence sur la décision concernant la question de droit.

Si le désaccord porte sur l’appréciation des faits qui ont conduit à l’application de la règle de droit, la commission est compétente.