Il convient, dans un souci de transparence, de préciser la manière dont les crédits du Fonds d'intervention régional sont alloués aux établissements, structures ou professionnels de santé.

Dans un souci de transparence et d'équité de traitement entre les acteurs, ces crédits doivent être alloués sur appel à projets sur la base d'un cahier des charges. Une convention doit ensuite être conclue entre le bénéficiaire et l'agence régionale de santé. Cette procédure mérite de figurer dans la loi et ne saurait relever du niveau réglementaire.