Le taux de TVA sur les pesticides est plus bas en France que dans la majorité des autres pays européens (il est intéressant ici, de relever que l’Allemagne applique un taux de TVA réduit sur les engrais biologiques), et est susceptible d’augmenter leur consommation, ce qui est en contradiction avec les objectifs que la France s’est fixée en la matière.

Le maintien du taux réduit de TVA sur les pesticides est en effet en contradiction flagrante avec les objectifs de réduction de l'usage des pesticides fixés depuis 2000 et confirmés par le Grenelle de l'environnement et le plan Ecophyto 2018, qui prévoit de réduire de moitié la consommation de pesticides d'ici dix ans.

Le Conseil des prélèvements obligatoires, dans son rapport intitulé « Entreprises et niches fiscales et sociales » d'octobre 2010, préconise la suppression de cet avantage fiscal allant à l'encontre des objectifs de réduction de la consommation de ces produits et dont le coût est évalué à 60 millions d'euros par an.

Le Centre d’analyse stratégique (CAS), dans un rapport, publié en octobre 2011 et intitulé «Les aides publiques dommageables à la biodiversité », recommande également d’appliquer le taux normal de 19.6% de TVA sur les pesticides. Ce rétablissement d’un taux normal de TVA sur les pesticides est, selon le CAS, sans conséquence comptable sur les résultats d’exploitation des agriculteurs.