Les rapports de présentation des SCOT s’appuient sur un diagnostic « établi au regard des prévisions économiques et démographiques et des besoins répertoriés en matière de développement économique, d'aménagement de l'espace, d'environnement, d'équilibre social de l'habitat, de transports, d'équipements et de services ».

Les SCOT doivent également pouvoir prendre en compte les enjeux de biodiversité dans leur diagnostic. Dans un contexte de développement des constructions, il permettrait d’accompagner la transition écologique des territoires. En effet, croisé avec la stratégie prévue par le projet de loi en matière de densification, la prise en compte de la biodiversité permettra de définir des critères de hiérarchisation d’intervention, notamment afin de préserver des espaces agricoles et d’une manière générale les espaces favorables à la biodiversité.