L'introduction d'un commissaire au gouvernement au sein d'une autorité publique indépendante peut porter atteinte à l'indépendance de l'autorité, chargée de la régulation économique d'un secteur dans lequel l’État est à la fois tutelle et unique détenteur de l'opérateur historique et du gestionnaire d'infrastructure.

Dans des conditions analogues, la Commission européenne avait envoyé un « rappel à l'ordre » à l'Etat français début 2011, lorsque ce dernier avait exprimé l'intention de créer une fonction de commissaire de gouvernement pour l'Autorité de régulation des communications électroniques et des postes (ARCEP), ce qui avait abouti à l'abandon de cette idée.

En outre, l'introduction d'un commissaire de gouvernement risque de poser des problèmes de confidentialité et de nuire à l'efficacité de l'Autorité. Le commissaire du gouvernement pourrait par exemple avoir accès à des documents internes de l'Autorité comportant des secrets protégés par la loi. Les acteurs du secteur ferroviaire témoignant devant le collège de l'Autorité ne seraient également plus assurés de la confidentialité de leurs propos, ce qui risquerait de nuire à leur liberté de parole.