L’article 4 paragraphe 2 de la directive 2012/34/UE impose l’indépendance du gestionnaire d’infrastructure vis-à-vis de l’État pour l’organisation et la gestion des fonctions essentielle. Aussi, l’État ne peut pas avoir pour mission d’assurer "la permanence opérationnelle du système et la gestion des situations de crise ayant un impact sur son fonctionnement». En effet, ces missions touchent à la gestion des fonctions essentielles.

Sur ce fondement, le 3 octobre 2013, la Cour de Justice de l’Union Européenne a condamné la tarification actuelle du réseau ferré italien car le droit italien prévoit que la détermination des redevances, fixée en concertation avec le ministre, s’impose au gestionnaire d’infrastructure.

L’indépendance de gestion des fonctions essentielles par SNCF Réseau vis-à-vis de l’État est un point essentiel pour rendre le modèle de gouvernance français euro-compatible. Aussi, l’État ne peut pas avoir pour mission d’assurer des missions opérationnelles qui doivent relever de la compétence exclusive du gestionnaire d’infrastructure