La nomination d’un commissaire de gouvernement au sein de l’ARAF serait contraire aux principes d’indépendance de l’Autorité, s’agissant d’un secteur dans lequel l'État est à la fois tutelle et unique détenteur de l’opérateur historique et du gestionnaire d’infrastructure. 

Elle nuirait au bon fonctionnement de l’Autorité, en particulier en permettant au commissaire du gouvernement d’accéder à des informations confidentielles, ainsi qu’à la libre expression des acteurs régulièrement auditionnés par le collège.

Elle est de plus inutile, l’Autorité ayant la faculté d’auditionner les représentants du gouvernement quand elle le souhaite.