Les autorités organisatrices régionales (Régions et STIF) sont les principaux contributeurs publics du système ferroviaire français, en apportant les deux tiers de ces ressources (apport total de 5,8 milliards d'euros), l’État apportant le tiers restant.

La participation des Régions au sein du Haut comité du ferroviaire n’est pourtant pas explicitement prévue dans le projet de loi.

L’article de loi portant création du Haut Comité du ferroviaire doit explicitement mentionner la présence de représentants des autorités organisatrices de transports ferroviaires de voyageurs du fait de leur rôle central au sein du système ferroviaire.