Les SAFER sont des sociétés anonymes investies de missions d’intérêt général et disposant dans ce cadre de prérogatives exorbitantes du droit commun, dont le droit de préemption. La gouvernance et le fonctionnement des SAFER sont l’objet de débats. Plusieurs rapports de la Cour des Comptes ont recommandé une évolution du dispositif pour que puisse être garantie une plus grande transparence de leurs interventions. Notamment, la mise en place d’une comptabilité analytique a été fortement préconisée. Elle s’est traduite dans le projet de loi, adopté par le Sénat en première lecture, par la création de l’article L141‑8‑1.

Toutefois, la disposition, telle que prévue, implique que toutes les SAFER devront disposer d’une comptabilité analytique à l’entrée en vigueur de la loi (ou le cas échéant des textes réglementaires d’application), ce qui est matériellement impossible à mettre en place dans ce délai. Il convient donc de prévoir une disposition transitoire (il est par ailleurs proposé, par un amendement à l’article 39, un délai au 1^er juillet 2016, indiqué pour la mise en conformité de toutes les SAFER sur d’autres points).

La comptabilité analytique doit avant tout permettre une plus grande transparence dans le fonctionnement des SAFER et mettre les commissaires du Gouvernement en mesure de donner un avis circonstancié aux opérations qui leur sont soumises. Il est donc nécessaire de prévoir que cette comptabilité sera mise en place selon des règles et un plan comptable commun à toutes les SAFER.

En revanche, les SAFER restent des sociétés anonymes et la diffusion du détail de leurs documents comptables n’a pas forcément vocation à être systématique, ni à être effectué par les commissaires du Gouvernement dont ce n’est pas le rôle. L’objectif de transparence des SAFER doit être recherché, mais il doit, pour être efficient, porter sur les procédures de ces dernières.