Les SAFER sont des sociétés anonymes investies de missions d’intérêt général et disposant dans ce cadre de prérogatives exorbitantes du droit commun, dont le droit de préemption.

La gouvernance et le fonctionnement des SAFER sont l’objet de débats. Plusieurs rapports de la Cour des Comptes ont recommandé une évolution du dispositif pour que puisse être garantie une plus grande transparence de leurs interventions. Notamment, la mise en place d’une comptabilité analytique a été fortement préconisée. Elle s’est traduite dans le projet de LAAAF, adopté par le Sénat en première lecture, par la création de l’article L141‑8‑1.

La comptabilité analytique doit avant tout permettre une plus grande transparence dans le fonctionnement des SAFER et mettre les commissaires du Gouvernement en mesure de donner un avis circonstancié aux opérations qui leur sont soumises. Il est donc nécessaire de prévoir que cette comptabilité sera mise en place selon des règles et un plan comptable commun à toutes les SAFER.

Toutefois, la disposition, telle que prévue, implique que toutes les SAFER devront disposer d’une comptabilité analytique à l’entrée en vigueur des décrets d’application de la LAAAF, ce qui pourrait être difficile à mettre en place dans ce délai. Il est donc proposé de fixer une entrée en vigueur au 1^er juillet 2016, date indiquée pour la mise en conformité de toutes les SAFER sur d’autres points de la LAAAF.