L’aquaculture, dans bien des cas, donne lieu à des fuites d’antibiotiques, pesticides ou animaux génétiquement sélectionnés voire modifiés dans la nature, ce qui n’est pas souhaitable. Il en résulte un affaiblissement des populations sauvages qui peuvent devenir plus sensibles aux microbes présents dans leur environnement, mais aussi un appauvrissement de la biodiversité et de la résilience des écosystèmes dans lesquels se situent les fermes d’aquaculture.

Afin de lutter contre cette conséquence néfaste de l’aquaculture, il est indispensable de mettre en place un contrôle des effluents et des rejets des fermes aquacoles et des sanctions en cas de pollution.