Réponse publiée le 12 mai 2026

L'appréciation des droits à congé de longue maladie (CLM) d'un fonctionnaire (ou d'un congé de grave maladie pour un agent contractuel) repose sur la réunion de trois critères mentionnés à l'article L. 822-6 du code général de la fonction publique (CGFP) : la maladie doit empêcher l'agent d'exercer ses fonctions, rendre nécessaires un traitement et des soins prolongés et présenter un caractère invalidant et de gravité confirmée. Une liste indicative de maladies donnant droit à l'octroi d'un CLM a été fixée par un arrêté du 14 mars 1986. Cette liste n'a un caractère ni automatique ni limitatif. Si le COVID « long » n'est pas cité explicitement dans cet arrêté, cette pathologie peut relever d'un CLM dès lors qu'elle répond aux trois critères de l'article L. 822-6. L'agent qui a contracté un COVID long sans qu'aucun lien ne soit établi entre l'exercice de ses fonctions et la survenance de la maladie doit, comme pour toute procédure sollicitant la reconnaissance d'un CLM, fournir à son administration un certificat médical de son médecin traitant. Le conseil médical à qui ce même médecin a adressé un rapport, rend alors son avis, qui peut être contesté devant le conseil médical supérieur. Si l'administration, après avoir pris connaissance de l'avis, rend un avis défavorable à la reconnaissance du CLM, l'agent peut alors former un recours gracieux puis contentieux. Si l'agent fait valoir qu'il a contracté le COVID dans un cadre professionnel, il peut alors solliciter la reconnaissance de son affection comme maladie professionnelle et, le cas échéant, le bénéfice d'un congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS). Dans ce cas, conformément à l'article L. 822-20 du CGFP, soit la maladie satisfait à l'ensemble des conditions du tableau 100 de maladie professionnelle mentionné au code de la sécurité sociale et bénéficie de la présomption d'imputabilité, soit elle ne satisfait pas à toutes les conditions de ce tableau ou n'est inscrite à aucun tableau mais elle peut être reconnue après avis d'un conseil médical. Dans ce deuxième cas, l'agent doit alors établir que la maladie est essentiellement et directement causée par l'exercice des fonctions et qu'elle est susceptible d'entraîner une incapacité permanente au moins égale à 25 %. Dans ce cas de figure, le médecin du travail établit un rapport à destination du conseil médical qui peut également s'appuyer sur l'expertise d'un médecin agréé. L'avis du conseil médical, qui siège en formation plénière, n'est pas susceptible de recours mais l'agent concerné peut former un recours gracieux puis contentieux contre la décision de l'administration qui lui refuse, soit la reconnaissance de son COVID long comme maladie professionnelle, soit l'octroi d'un CITIS pour COVID long. En tout état de cause, un COVID long ne peut donner lieu à un congé de longue durée (CLD) car seuls cinq types d'affections, énumérées à l'article L. 822-12 du CGFP, ouvrent droit à ce congé, le COVID long n'en faisant pas partie. Enfin, un agent atteint d'une maladie grave peut également solliciter auprès de son employeur l'accord de ce dernier pour la mise en place d'un temps partiel pour raison thérapeutique (TPT). Ce dispositif permet à l'agent un maintien ou un retour progressif sur son poste ou bien de bénéficier d'une rééducation ou d'une réadaptation professionnelle.