Réponse publiée le 15 juillet 2025

Dans le cadre de la loi de finances pour 2025, le Gouvernement a décidé de diminuer le taux de la rémunération maintenue lors d'un congé de maladie ordinaire (CMO) des agents des trois versants de la fonction publique. Depuis le 1er mars 2025, le taux de la rémunération maintenue durant les trois premiers mois pendant lesquels un agent est en CMO est donc de 90 %. La période des neuf mois suivants est toujours rémunérée à hauteur de 50 %. L'abattement de 10 % appliqué à la rémunération des agents publics ne concerne donc que les arrêts de maladie de courte durée. Dans ce cadre, les fonctionnaires atteints de maladies graves relèvent essentiellement des congés de longue maladie (CLM) ou des congés de longue durée (CLD). Il convient de souligner que ces congés ont un effet rétroactif sur les CMO attribués antérieurement pour une même pathologie qui sont requalifiés en CLM ou CLD. Le traitement de l'agent concerné est alors rétabli rétroactivement à 100 %, les primes et indemnités étant quant à elles maintenues selon les régimes propres au CLM et au CLD. La notion d'affection de longue durée (ALD) concerne, en premier lieu, la prise en charge des frais de santé par la sécurité sociale et notamment, le cas échéant, l'exonération du ticket modérateur. Pour les assurés du régime général, elle peut, en second lieu, leur garantir un versement jusqu'à 3 ans des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS). Les maladies graves ne sont pas appréhendées de la même façon entre le secteur public et le secteur privé. L'appréciation des droits à congé de longue maladie (ou congé de grave maladie, pour les contractuels) repose sur la réunion de trois critères prévus par les textes : la maladie doit empêcher l'agent d'exercer ses fonctions, rendre nécessaires un traitement et des soins prolongés et présenter un caractère invalidant et de gravité confirmée. Concernant le CLD, seuls cinq types d'affections, énumérées à l'article L. 822-12 du code général de la fonction publique (CGFP), ouvrent droit à ce congé. Quant au jour de carence, il ne s'applique pas aux congés liés à des maladies graves. En effet, l'article 115 de la loi n° 2017-837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018 énumère les nombreux congés auxquels le jour de carence ne s'applique pas. On y trouve, notamment, le congé de longue maladie, le congé de longue durée et le congé de grave maladie mais également le congé pour invalidité temporaire imputable au service, le congé pour accident de service ou le congé pour accident du travail et la maladie professionnelle. Ce même article y ajoute les congés de maladie qui ont été accordés après un premier congé de maladie au titre d'une affection de longue durée (ALD). Lorsqu'un assuré social est atteint d'une ALD, le délai de carence ne s'applique qu'au premier arrêt de travail lié à cette ALD au cours d'une période de 3 ans maximum.  Enfin, un agent atteint d'une maladie grave peut également solliciter auprès de son employeur l'accord de ce dernier pour la mise en place d'un temps partiel pour raison thérapeutique (TPT). Ce dispositif permet à l'agent d'opérer un retour progressif sur son poste ou bien de bénéficier d'une rééducation ou d'une réadaptation professionnelle.