Les groupes intégrés fiscalement, au sens de l’Article 223 A du code général des impôts, peuvent légalement faire entrer ou sortir des entreprises du périmètre de leur intégration afin de bénéficier plus largement du Crédit Impôt Recherche (CIR). On observe d’ailleurs que sur la période 2007‑2011, qui correspond à l’élargissement de l’assiette du CIR, l’accroissement des dépenses déclarées (+ 3 Md€) est surtout le fait des très grandes entreprises (+ 2,4 Md€).

Les grandes entreprises bénéficient le plus du CIR, le montant moyen des créances des entreprises de plus de 5000 salariés étant de 11,4 M€ (alors qu’il est de 294 000 € en moyenne) : globalement, 0,4 des entreprises déclarantes soumettent 7 Md€ de dépenses de R&D, soit 38 % du total déclaré. Parallèlement, les grandes entreprises ont très peu augmenté leurs dépenses de R&D (16 à 16,4 milliards d’euros de 2008 à 2010, selon le Ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche). De plus, le ratio de leur créance sur les dépenses de R&D déclarées au CIR (20 % pour les entreprises de plus de 5000 salariés) est faible au regard de celui des autres entreprises, de 28 % en moyenne.

Selon la Cour des Comptes, le régime actuel du CIR apparaît déjà largement optimisé pour les groupes, et les stratégies d’optimisation visant à maximiser l’avantage fiscal au titre du CIR peuvent se développer dans la durée. Alors que le coût du CIR, déjà élevé, est amené à croître davantage (5,4 milliards d’euros prévu au PLF 2014, 3,35 milliards d’euros en 2013), il est temps de recentrer cette dépense fiscale.

Si le montant du CIR était calculé au niveau de chaque intégration, et non des filiales, la Cour des Comptes estime cette économie à 530 M€.