La Cour de justice de l’Union europenne (CJUE) dans un arrêt du 4 mars 2010, et à propos des contrats Natura 2000, a spécifié que les exonérations d’évaluation des incidences n’étaient possibles que si l’activité était « nécessaire ou directement liée à la gestion d’un site Natura 2000 » :

« Selon la République française, l’exemption systématique des travaux, ouvrages ou aménagements prévus par les contrats Natura 2000 de l’obligation de procéder à l’évaluation des incidences sur le site, prévue à l’article 6, paragraphe 3, de la directive « habitats », est justifiée par l’idée selon laquelle, dans la mesure où ces contrats ont pour objet la réalisation des objectifs de maintien et de rétablissement fixes pour le site, ceux-ci sont directement lies ou nécessaires à la gestion dudit site. Une telle approche supposerait donc que les mesures prévues par les contrats Natura 2000, qui visent à réaliser les objectifs de conservation et de rétablissement, soient aussi, en toutes circonstances, des mesures directement liées ou nécessaires a la gestion du site. Toutefois, il ne saurait être exclu que des travaux, ouvrages ou aménagements, prévus par ces contrats, tout en ayant pour objectif la conservation ou le rétablissement d’un site, ne soient pas pour autant directement liés ou nécessaires à la gestion de celui-ci » (CJUE, 4/3/2010, C-241‑08).

Par analogie il devrait en être de même pour les Chartes Natura 2000 qui sont juridiquement moins contraignantes que les contrats Natura 2000. Les porteurs de projets souhaitant signer une charte ne doivent pas pour autant être systématiquement exonérés d’une évaluation des incidences Natura 2000.

La France, en ayant introduit cette dispense d’évaluation systématique des incidences lors de la loi du 22 mars 2012, cette fois pour des activités s’inscrivant dans le cadre des chartes Natura 2000, s’est affranchi des exigences posées par la Directive Habitats et de son article 6§3 sur les évaluations des incidences et s’expose à nouveau à un risque de condamnation de l’Europe. Seules les mesures liées à la gestion du site pourraient faire l’objet d’exonérations, ce qui n’est pas le cas des activités visées par l’article L 414‑3 (qui sont souvent les activités sportives et assimilées). La commission pourrait par suite se saisir de cette question et à nouveau demander une condamnation de la France devant la CJUE.