Les ressources génétiques concernées par la loi sont celles prélevées dans les espaces naturels faisant partie du patrimoine commun de la nation. Les prélèvements présents dans les collections à la date de promulgation ou d'application de la loi ne sauraient y être assimilés.

Le règlement européen précise d'ailleurs : "afin de garantir la sécurité juridique, il importe que les règles mettant en oeuvre le protocole de Nagoya ne s'appliquent qu'aux ressources génétiques sur lesquelles les Etats exercent des droits souverains et relevant du champ d'application de l'article 15 de la convention ainsi qu'aux connaissances traditionnelles associées aux ressources génétiques relevant du champ d'application de la convention auxquelles il est donné accès après l'entrée en vigueur du protocole de Nagoya pour l'Union"

De plus, la notion de "nouvelle utilisation", qui est renvoyé à un décret ultérieur en Conseil, ne peut pas être appréciée par le législateur. Cette notion est délicate à définir dans les domaines de la recherche en général (taxonomie, identification de molécules, etc) et risque de nuire au développement de la recherche scientifique dans le domaine de la biodiversité.