Pour calculer le bon état chimique de l’eau, seule une quarantaine de substances sont actuellement prises en compte, et les seuils établis le sont de façon arbitraire. Il est nécessaire de prendre en compte davantage de substances, notamment les perturbateurs endocriniens ou les résidus de médicaments, ainsi que les cumuls de contamination.

Selon le CGDD (« chiffre et statistiques n° 436 », juillet 2013),  550 pesticides ont été recherchés en 2011 dans les cours d’eau de France métropolitaine, dont 377 sont effectivement décelés au moins une fois. Ils sont présents sur 93 % des points de mesure, contre 91 % des points en 2010.