Le mécanisme de représentation-substitution constitue une atteinte au principe de libre choix, par les établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, des modalités d'exercice de leurs compétences (exercice en propre ou transfert à un syndicat).

L'absence de mécanisme de représentation-substitution n'interdit pas aux communautés d'agglomération qui le souhaitent de transférer la compétence assainissement à des syndicats. Ce mécanisme ne se justifie pas pour l’assainissement.

En revanche, l’introduction d’un tel dispositif est intéressant pour la compétence de gestion des milieux aquatiques et de prévention des inondations (GEMAPI) au regard des enjeux qu'elle présente et du caractère inédit de cette compétence pour l’ensemble des EPCI à FP.

La compétence GEMAPI exige, en effet, des capacités d'ingénierie particulières, implique la réalisation d'opérations complexes pour la protection des populations, et nécessite une réflexion à une échelle hydrographique cohérente, ce qui justifie le maintien des syndicats existants en évitant le retrait des communes membres de l'EPCI à fiscalité propre.