La volonté initialement portée par le gouvernement dans la mise en œuvre du Protocole de Nagoya est de réguler l’accès aux ressources génétiques présentes sur leur territoire. Cette position se justifie par la richesse de la biodiversité naturelle des territoires français d’outre-mer.
Toutefois, afin de ne pas compromettre le développement de la recherche et de l’innovation, tant publique que privée, il convient d’assurer une mise en œuvre progressive sur les ressources auxquelles il a été accédé depuis 2014. En effet, cela nécessite un récolement précis de l’ensemble des collections de ressources génétiques et de connaissances traditionnelles associées. La réglementation européenne de façon réaliste le fait débuter à la date de ratification par l’Union européenne du Protocole de Nagoya, permettant ainsi la mise en place au sein des établissements de recherche de procédures adaptées ainsi que l’information et la formation des chercheurs et des techniciens. En prenant en compte les ressources génétiques et les connaissances traditionnelles associées présentes dans les collections à la date de promulgation de la loi, la législation française imposera un récolement des collections difficile techniquement et financièrement. Du fait de cette mesure, il y a un risque certain d’abandon des de toute ou partie des collections établies avant la date de promulgation de la loi.

Enfin, la conduite d’une activité de recherche se distingue d’un projet d’ingénierie par la possibilité de remettre en cause à tout moment ses objectifs et son contenu en fonction des résultats intermédiaires observés. La nécessité de se soumettre lors de ces modifications aux procédures prévues par la législation française risque de constituer un frein à la recherche et à l’innovation sur les ressources génétiques à l’opposé du but recherché par le Protocole de Nagoya. Il est donc proposé de rétablir la disposition relative à la nouvelle utilisation en mentionnant le « domaine d’activité », permettant à la recherche de conserver son caractère exploratoire.