Dès le début de la Révolution, en août 1789, l’Assemblée constituante pose les principes de la liberté de conscience et de la liberté d’opinion : « Nul ne doit être inquiété pour ses opinions, même religieuses, pourvu que leur manifestation ne trouble pas l'ordre public établi par la loi. » (article X de la Déclaration des droits de l’homme et du citoyen).
Le décret du 2 novembre 1789 met à disposition les biens du clergé au profit de la Nation pour résoudre la crise financière de l’État. En contrepartie, ce dernier prend en charge les frais d’exercice du culte catholique.
L’Assemblée nationale le réorganise par le décret du 12 juillet 1790 relatif à la Constitution civile du clergé, qui prévoit notamment l’élection des évêques et des prêtres par tous les électeurs. Sa condamnation par le pape Pie VI entraîne une scission au sein de l’Église catholique entre « constitutionnels » et « réfractaires ».
Le budget de l’Église constitutionnelle est supprimé par décret du 18 septembre 1794 « portant que la République française ne paiera plus les frais ni les salaires d’aucun culte ». La séparation est confirmée par le décret du 3 ventôse an III (21 février 1795) sur la liberté des cultes.
Cette première séparation prend fin avec la conclusion, par Napoléon Bonaparte, Premier consul, et le pape Pie VII, du Concordat de 1801. Celui-ci qualifie le catholicisme de religion de « la grande majorité des Français », reprend les principes de la nomination des évêques par le pouvoir civil et de l’institution canonique par le pape et prévoit le versement d’un traitement convenable aux évêques et aux prêtres.
La loi du 8 avril 1802 (18 germinal an X) relative à l’organisation des cultes complète ces dispositions, incluant également les cultes luthériens et réformés. En 1808, le culte israélite se voit appliquer un même régime d’organisation et de contrôle.
Ce régime dit concordataire n’est remis en cause par aucun gouvernement jusqu’au Second Empire inclus.
À partir de 1869, la séparation des Églises et de l’État fait partie du programme des Républicains (programme de Belleville). Elle est décrétée en avril 1871 par la Commune de Paris, qui prend fin en mai.
Une fois devenus majoritaires à la Chambre des députés (en 1876) puis au Sénat (en 1879), les Républicains prennent les premières mesures de laïcisation de la société :
- organisation de l’enseignement public, laïque et obligatoire (lois « Ferry » de 1881 et 1882 et « Goblet » de 1886) ;
- rétablissement du divorce (loi « Naquet » de 1884 ) ;
- liberté des funérailles autorisant notamment la crémation (loi du 15 novembre 1887).
La question connaît une nouvelle évolution avec l’arrivée le 22 juin 1899, en pleine affaire Dreyfus, de René Waldeck-Rousseau à la tête d’un gouvernement dit de « Défense nationale ». Celui-ci présente un projet de loi sur la liberté d’association, qui aboutit à la loi du 1er juillet 1901 sur le contrat d’association. Les congrégations sont soumises à une autorisation préalable par la loi, au cas par cas.
A la suite des élections législatives de 1902, les radicaux deviennent la première force politique. La nomination d’Emile Combes à la présidence du Conseil ouvre alors une période de tensions. Le gouvernement de la « République radicale » accorde les autorisations des congrégations en nombre très restreint : la plupart se voient donc interdites.
En 1904, le pape Pie X, qui ne reconnaît pas l’annexion des anciens États pontificaux par l’Italie, proteste contre la visite du président de la République, Emile Loubet, à Rome. Les relations diplomatiques de la France et du Saint-Siège sont rompues. Augmentant les tensions, la loi du 7 juillet 1904 interdit toute activité scolaire aux congrégations enseignantes.
En novembre 1904, Emile Combes se rallie à l’idée de la séparation et présente un projet de loi. La chute d’Emile Combes en janvier 1905 entraîne la présentation d’un nouveau projet de loi par son successeur, Maurice Rouvier, et le ministre de l’Instruction publique, des Beaux-arts et des Cultes, Jean-Baptiste Bienvenu-Martin.